傳統的化糞池存在去除有機物能力差、不符合衛生標準，定期抽糞、運輸量大，管理不便、易發生沼氣爆炸事件相比，沼氣池具有以下有優越性：
一是有機物去除率高，COD去除率達78%以上，BOD去除率達82%以上：
二是阻止污泥上浮，并通過多級過濾，出水呈中性，衛生環保效果好，基本能達標：
三是可獲一定的優質燃氣–沼氣。但是沼氣池同樣存在問題，出水色度普遍偏高，同時NH3-N去除率也不易達標。